Tsukiji Balık Pazarı'nın genç ustası Yuta, yanlışlıkla Sumida Nehri'ne karışık deniz mahsullerinden oluşan bir akşam yemeği bırakır. Bir süre sonra, derinliklerden mutasyona uğramış dev bir kalamar canavarı çıkar ve Tokyo'yu dehşet ve şaşkınlıkla doldurmaya başlar. Japon Öz Savunma Kuvvetlerinin yaratığı durdurma çabaları boşunaydı.