Cesur bir görev, derin deniz mürettebatını okyanus tabanındaki gizemli bir açıklığa götürdüğünde, kayıp bir su altı dünyasını ve kadim bir ırkı hayata döndürürler. Jim Peters, Miskatonic Üniversitesi'nde astrobiyoloji profesörüdür. Gizemli bir şekilde ortadan kaybolan babasının işini devralmak için Pickman Corporation ile birlikte çalışıyor. Araştırmayı finanse ediyorlar ama bu güven anlamına gelmiyor. Ancak Jim'den Antarktika kıyılarında keşfedilen tuhaf bir hendeği araştırmak için bir keşif gezisine katılması istendiğinde teklifi reddedemez. Film, gerekli olan iki aylık eğitimi kısaca özetliyor ve Jim kendisini bir anda görevin biyoloğu Christine Harris ile birlikte deneysel denizaltı Providence 3'te buluyor.